鄂爾多斯職業學院下設30個系部：黨政辦公室（外事辦）、組織統戰部（黨校）、宣傳部、監督檢查室、學生工作部（武裝部）、教師工作部（教師發展中心）、保衛工作部（保衛處）、人事處、教務處（實驗實訓中心）、招生就業處（對外合作交流處）、科研產業處（職教研究所）、財務處、質量管理和審計處、國有資產和后勤管理處。機電工程系、信息工程系、資源工程系、化學工程系、建筑工程系、人文管理系、汽車工程系、基礎部、思想政治理論教學科研部、電大分校、培訓中心（退役軍人培訓部）、圖書館、信息中心、創新創業中心、工會、團委。

1.黨政辦公室（外事辦）

下設【文秘科】【綜合科】【機要檔案科】

主任：喬祥

副主任：朱麗春

2.組織統戰部（黨校）

下設【干部科】【組織科】【統戰科】

副部長：高慧敏、趙興

3.宣傳部

下設【宣傳與網絡輿情監管科】【思政科】

部長：付瑞

副部長：白潔

4.紀委（監督檢查室）

下設【檢查科】【綜合科】

副書記、主任：吉日木圖

副主任：孫宏英、李彩杰

5.黨委學生工作部（武裝部）

下設【學生教育管理科】【資助管理中心】【心理咨詢中心】

副部長：云昊

6.黨委教師工作部（教師發展中心）

下設【師資科】

部長：柴敏

副部長：溫都娜

7.黨委保衛工作部（保衛處）

下設【綜合科】【安全管理科】

處長：張熙偉

副處長：劉曉春

8.人事處

下設【人力資源科】【勞資科】

處長：劉楓

副處長：柴瑞

9.教務處（實驗實訓中心）

下設【教務科】【實踐教學管理科】【學籍考務科】

處長：郝巧梅

副處長：苗文莉、李波

10.招生就業處（對外合作交流處）

下設【招生就業科】【合作交流科】

副處長：劉玉娟

11.科研產業處（職教研究所）

下設【項目管理科】

處長：郝霄鵬

副處長：曲冰潔

12.財務處

下設【財務管理科】【會計核算科】

副處長：路延

13.質量管理和審計處

下設【綜合科】

處長：李梅

副處長：于洋

14.國有資產和后勤管理處

下設【綜合科】【資產管理科】

處長：郝旭偉

副處長：王瓊

15.機電工程系

下設【教務科】【學工與綜合管理科】【教研中心】

黨總支書記：張海琴

黨總支副書記：張科強

副主任：朱志鑫

16.信息工程系

下設【教務科】【學工與綜合管理科】【教研中心】

黨總支書記：張生瑞

主任：武小芳

黨總支副書記：李莉杰

17.資源工程系

下設【教務科】【學工與綜合管理科】【教研中心】

黨總支書記：付瑞

黨總支副書記：卓慶奉

18.化學工程系

下設【教務科】【學工與綜合管理科】【教研中心】

黨總支書記、主任：馬桂香

黨總支副書記：朱晴

副主任：錢春蘋

19.建筑工程系

下設【教務科】【學工與綜合管理科】【教研中心】

黨總支書記:由國艷

主任：王瑾

黨總支副書記：張寧

副主任：何寶明

20.人文管理系

下設【教務科】【學工與綜合管理科】【教研中心】

黨總支書記、主任：楊梅

黨總支副書記：高慧

副主任：薛英、鄔鵬飛

21.汽車工程系

下設【教務科】【學工與綜合管理科】【教研中心】

黨總支副書記：杜瑞

副主任：任艷茹

22.基礎部

下設【教務科】【教研中心】

部長：馬長平

副部長：王雅琴

23.思想政治理論教學科研部

下設【教研中心】

部長：劉瑞霞

副部長：馬寧

24.電大分校

下設【社區服務辦公室】【教務科】【現代教育技術中心】

校長：肖海福

副校長：劉俊梅

25.培訓中心（退役軍人培訓部）

下設【培訓與職業技能鑒定科】

主任：白玲

副主任：蘇忠義

26.圖書館

下設【采編與流通科】

館長：武娜

副館長：張銳鋒

27.信息中心

下設【網絡技術科】

主任：潘曄

副主任：王真

28.創新創業中心

下設【綜合科】

主任：徐秀英

29.工會

下設【辦公室】

主席：李萍

副主席：張春梅

30.團委

下設【辦公室】

書記：趙美麗